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北京大学现代农业研究院 为猕猴桃育种装上中国“芯”

“隰有苌楚,猗傩其枝”“其形如梨,其色如桃,而猕猴喜食,故有诸名”。中国是猕猴桃的起源地和分布中心,早在先秦时期的《诗经》和李时珍的《本草纲目》中就有了猕猴桃的记载。


我国从上世纪70年代末开始种植猕猴桃,历经40年的发展,猕猴桃收获面积和产量均占世界总产量和栽种面积的一半以上。然而,我国猕猴桃研究和产业发展却长期落后于新西兰、意大利等猕猴桃科研、生产大国。


“我们要让全世界知道,最好吃的猕猴桃,品质最完美的猕猴桃,让农民最赚钱的猕猴桃,是在中国的!”北京大学现代农业研究院博士后韩雪,作为猕猴桃课题组的一员,满怀斗志与豪情。


梦想有温度,追求有情怀,成就才有厚度。2月6日,由北京大学现代农业研究院、潍坊现代农业山东省实验室何航、邓兴旺团队与武汉植物园钟彩虹团队/李大卫研究员合作的论Two haplotype-resolved, gap-free genome assemblies of Actinidia latifolia and Actinidia chinensis shed light on regulation mechanisms of vitamin C and sucrose metabolism in kiwifruit作为封面文章发表在植物学顶级期刊Molecular Plant上。封面呈现的是中秋之夜,中国古人品尝猕猴桃的画面,复现了唐代诗人岑参描绘的“中庭井阑上,一架猕猴桃”的闲适场景。这也是国人首次在国际著名期刊上以封面故事为猕猴桃打上中国的标签。


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“我们现在能吃到美味的猕猴桃应该也与古人的发现与移栽有关。”课题负责人何航研究员说:“这项研究是两个最优秀的团队碰撞的结果,武汉植物园团队对于猕猴桃材料的了解与储备奠定了成功的基础。”


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何航研究员(右)与李大卫研究员(左)在宜昌调查野生猕猴桃


论文报道了阔叶猕猴桃与中华猕猴桃T2T无缺口基因组图谱,整合基因组、转录组、代谢组多组学分析深入挖掘猕猴桃果实品质调控基因,为猕猴桃功能基因与分子育种研究提供了重要资源,标志着猕猴桃正式进入精准设计育种的4.0时代!


据研究团队介绍,猕猴桃属于多年生落叶果树,具有雌雄异株、高度杂合、自交不亲和、育种周期长等特征,国内外育种家仍依赖传统育种手段,育种的盲目性较大。开辟遗传改良新途径、拓宽栽培猕猴桃的遗传基础,对国内猕猴桃产业发展有重大意义。


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中华猕猴桃与阔叶猕猴桃无缺口基因组图谱


甜度高、营养丰富是大众及果农选择水果品种的主要标准。该研究团队选择了具有超高维生素C含量的阔叶猕猴桃,以及我国具有独立知识产权的中华猕猴桃优良品种“东红”作为研究对象,通过整合深度测序的PacBio HiFi, Hi-C, ONT数据,完成了两个端粒至端粒无缺口猕猴桃基因组拼接,同时获得了染色体级别的单倍型基因组。研究发现,维生素合成途径基因在不同猕猴桃物种中分布较为保守,但其表达模式在高维生素C含量材料(阔叶)和低维生素C含量材料(东红)中不完全相同。


与阔叶猕猴桃相比,东红猕猴桃具有显著更高的甜度。通过对开花后30天、60天、95天和135天的果实进行广泛靶向代谢组与转录组测序,发现在果实发育后期高含量的代谢物中富集糖醇类代谢物。经过与转录组相互关联,鉴定出一个蔗糖转运蛋白基因AcSWEET9b,具有与蔗糖的含量显著相关的表达模式。通过一系列实验得出,AcSWEET9b启动子区域在红心猕猴桃驯化过程中被人工选择,可能是红心猕猴桃甜度增加的重要原因。何航研究员说:“该项工作不仅尝试回答猕猴桃是怎样被选择下来的,还为建立精准育种体系建立基础。”


“整个课题完成期间邓兴旺老师、何航老师、李大卫老师经常给我们指导,并提出关键性的指导意见。”韩雪说:“也正是这些老师悉心指导、团队成员通力合作,再加上研究院强大的计算资源支撑,课题才能顺利完成。”


据悉,北京大学现代农业研究院、潍坊现代农业山东省实验室在T2T无缺口基因组领域的西瓜、水稻、拟南芥、猕猴桃等物种中均报道了这一标准的参考基因组,代表了研究院、省实验在基于农业大数据的育种4.0方向的领先地位。攻克难关,解决卡脖子问题,研究院、省实验室一直在路上。