研究员 - 北京大学现代农业研究院

郭立园艺作物基因组学与合成生物学实验室主任

研究员，课题组长 (Principal Investigator /PI)

邮箱：li.guo@pku-iaas.edu.cn

电话：0536-6030818

研究方向：作物基因组学，生物信息学，天然产物合成生物学

实验室主页：http://www.guo-lab.site

个人简介：

2002年08月-2006年06月，西北农林科技大学，植物保护学，学士（BA）

2006年08月-2012年02月，美国宾夕法尼亚州立大学 (Penn State University) 植物病理学，博士（Ph.D.）

2012年03月-2016年08月，美国马萨诸塞大学 (UMASS) 生物化学与分子生物学系，博士后（Postdoc）

2016年09月-2020年06月，西安交通大学，电子与信息学院，副教授（Associate Professor）

2020年07月-2021年09月，西安交通大学，电子与信息学院，教授，博士生导师（Professor）

2021年10月-至今，北京大学现代农业研究院，研究员、课题组长（PI）

荣誉和奖励：

2023年山东省自然科学基金“杰出青年”获得者

2022年山东省“泰山学者”青年专家

2022年中国科技期刊卓越行动计划优秀审稿人

2021年潍坊市“鸢都学者”

2020年国家高层次留学归国人才

主要学术兼职：

Associate Editor for Molecular Plant-Microbe Interactions (Since 2023)

Editorial Board Member for Scientific Data (Since 2024)

Guest Editor for Plant Physiology and Biochemistry (2022-2023)

研究工作与成果：

郭立，博士，北京大学现代农业研究院/潍坊现代农业山东省实验室研究员（PI）。国家高层次留学归国人才、山东省泰山学者“青年专家”、山东省自然科学基金“杰出青年”获得者、潍坊市鸢都学者。本科毕业于西北农林科技大学，获得美国宾夕法尼亚州立大学博士，在美国马萨诸塞大学从事博士后研究，回国后曾在西安交通大学担任副教授和教授兼博士生导师。前期工作已发表SCI论文55篇，授权发明专利5项，主导多个作物复杂基因组和泛基因组解析工作，揭示植物次生代谢通路、抗病、致病基因进化，植物着丝粒复杂结构、表观遗传调控和进化机制，挖掘抗病、致病基因，指导作物分子设计育种。多项研究成果以主要作者身份发表在Science, Nature Genetics, Nature Plants, PNAS，Nature Communications 等国际顶级期刊上；主持国家自然科学基金委面上项目，山东省“杰青”项目，山东省重点研发计划项目；现担任Molecular Plant-Microbe Interactions期刊副主编，Nature子刊Scientific Data编委。

实验室主要研究方向：

1. 作物基因组学：作物完整基因组破译，作物泛基因组学和多组学，抗病、致病基因挖掘，作物抗病的基因组设计育种。

2. 进化遗传学：植物次生代谢通路、抗病、致病基因进化，植物着丝粒结构、表观遗传和进化机制。

3. 合成生物学：植物微生物活性天然产物的生物合成途径解析与异源生物合成，合成基因组学。

本课题组常年招聘博士后，助理/副研究员和访问学者，欢迎感兴趣的有志青年学者加入和咨询！

代表性论文:

(*共同第一作者; #: 通讯作者)

1. Jin J, Wang XF, Zhang X, Mei J, Zheng W, Guo LL, Sun H, Zhang L, Liu C, Ye W#, Guo L^#. (2025). Grapevine phyllosphere pan-metagenomics reveals pan-microbiome structure, diversity, and functional roles in downy mildew resistance. Microbiome. https://doi.org/10.1186/s40168-025-02287-4.

2. Chen W, Wang J, Chen S, Meng D, Mu Y, Feng H, Zhang L, Guo L^#. (2025) Pan-centromere landscape and dynamic evolution in Brassica plants. Nature Plants.https://doi.org/10.1038/s41477-025-02131-5

3. Ayhan DH*, Wang H*, Zhang L*, Wang G, Yi S, Meng D, Xue L, Geng X, Kong Z, Wang X, Wang L, Yang Q, Wang XF, Deng Y, Zhang X, Guo L^#. (2025). Gap-free comparative genomics uncover virulence factors in Fusarium wilt of watermelons. PLOS Pathogens. 25;21(8):e1013455.

4. Sun J*, Wang X*, Wang K, Meng D, Mu Y, Zhang L, Wang J, Yao G, Guo L^#. (2025) Genomic and epigenomic insight into giga-chromosome architecture and adaptive evolution of royal lily (Lilium regale). Nature Communications. 16, 5617. https://doi.org/10.1038/s41467-025-61289-w

5. Guo L^#*, Wang XF*, Ayhan DH*, Rhaman MS*, Yan M*, Jiang J, Wang DY, Zheng W, Mei J, Ji W, Jiao J, Chen SY, Sun J, Yi S, Meng D, Wang J, Bhuiyan MN, Qin GC, Guo LL, Yang QX, Zhang XN, Sun HS, Liu CH, Deng XW, Ye WX^#. (2025) Super pangenome of Vitis empowers identification of downy mildew resistance genes for grapevine improvement. Nature Genetics.https://doi.org/10.1038/s41588-025-02111-7

6. Chen W, Yan M, Chen S, Sun J, Wang J, Meng D, Li J, Zhang L, Guo L^#. (2024) The complete genome assembly of Nicotiana benthamiana reveals genetic and epigenetic landscape of centromeres. Nature Plants. https://doi.org/10.1038/s41477-024-01849-y

7. Chen W*, Wang X*, Sun J*, Wang X*, Zhu Z*, Ayhan DH, Yi S, Yan M, Zhang L, Meng T, Mu Y, Li J, Meng D, Bian J, Wang K, Wang L, Chen S, Chen R, Jin J, Li B, Zhang X, Deng XW, He H^#, Guo L^#. (2024) Two telomere-to-telomere gapless genomes reveal insights into Capsicum evolution and capsaicinoid biosynthesis. Nature Communications. 15, 4295

8. Wang K*, Jin J*, Wang J*, Wang X, Sun J, Meng D, Wang X, Guo L^#. (2024 ) The complete telomere-to-telomere genome assembly of lettuce. Plant Communications. https://doi.org/10.1016/j.xplc.2024.101011.

9. Yang B, Meng T, Wang X, Li J, Zhao S, Wang Y, Yi S, Zhou Y, Zhang Y, Li L^#, Guo L^#. (2024) CAT Bridge: an efficient toolkit for compound-transcript association mining from multi-omicsdata.GigaScience. https://doi.org/10.1093/gigascience/giae083

10. Wang X*, Li H*, Shen T, Wang X, Yi S, Meng T, Sun J, Wang X, Qu X, Chen S^#, Guo L^#. (2023) A near-complete genome sequence of einkorn wheat provides insight into the evolution of wheat A subgenomes.Plant Communications. https://doi.org/10.1016/j.xplc.2023.100768

11. Liu H, Wang H, Liao XL, Gao B, Lu X, Sun D, Gong W, Zhong J, Zhu H, Pan X, Guo L^#, Deng XW^#and Zhou Q^#. (2022) Mycoviral gene integration converts a plant pathogenic fungus into abiocontrol agent. Proc Natl Acad Sci USA. 119(50): e2214096119

12. Guo L*^#, Yao Hui*, Chen W*, Wang X, Ye P, Xu Z, Zhang S,Wu H^#. (2022) Natural products of medicinal Plants: biosynthesis and bioengineering in post-genomic era, HorticultureResearch.Vol.9: uhac223.

13. Guo L*, Winzer T*, Yang X*, Li Y*, Ning Z*, He Z, Teodor R, Lu Y, Bowser TA, Graham IA^#, Ye K^#. (2018) The opium poppy genome and morphinan production. Science. 362(6412): p. 343-347.

14. Wang J*, Li J*^#, Li Z, Liu B, Zhang L, Guo D, Huang S, Qian W^#, Guo L^#. (2022) Genomic insights into longan evolution from a chromosome-level genome assembly and population genomics of longan accessions. Horticulture Research. Vol. 9: uhac021.

15. Yang X*, Gao S*, Guo L*, Wang B, Jia Y, Zhou J, Che Y, Jia P, Lin J, Xu T, Sun J, Ye K^#. (2021) Three chromosome-scale Papaver genomes reveal punctuated patchwork evolution of the morphinan and noscapine biosynthesis pathway. Nature Communications.12:6030.

16. Guo L, Zhao G, Gao L, Xu JR, Kistler HC, Ma LJ^#. (2016) Compartmentalized gene regulatory network of a pathogenic fungus Fusarium graminearum. New Phytologist. 211(2): 527-541.

17. Guo L*, Yu H*, Wang B*, Vescio K, Delulio G, Yang H, Berg A, Zhang L, Edel-Hermann V, Steinberg C, Kistler HC, Ma LJ^#. (2021) Metatranscriptomic comparison of endophytic and pathogenic Fusarium-Arabidopsis interactions reveals plant transcriptional plasticity. Molecular Plant-Microbe Interactions. 34(9):1071-1083

18. Wang B, Yu H, Jia Y, Dong Q, Steinberg C, Alabouvette CL, Edel-Hermann V, Kistler HC, Ye K^#, Ma LJ^#, and Guo L^#. (2020) Chromosome-scale genome assembly of strain Fo47, a fungal endophyte and biocontrol agent. Molecular Plant-Microbe Interactions. 33(9):1108-1111

19. Guo L, Breakspear A, Zhao G, Gao L, Kistler HC, Xu JR, Ma LJ^#. (2016) Conservation and divergence of the cyclic adenosine monophosphate–protein kinase A (cAMP–PKA) pathway in two plant-pathogenic fungi: Fusarium graminearum and F. verticillioides. Molecular Plant Pathology 17(2): 196-209.

代表专利:

与番茄灰霉病抗性相关的分子标记及其应用，CN119710077

一种基于序列模式挖掘算法的系统发生树构建方法，CN109545283

一种基于模式增长算法的基因变异检测方法，CN111243663

基于外显子测序数据的拷贝数变异检测方法及系统、终端和存储介质，CN111210873