研究员 - 北京大学现代农业研究院

郭立园艺作物基因组学与合成生物学实验室主任

研究员，课题组长 (Principal Investigator /PI)

邮箱：li.guo@pku-iaas.edu.cn

电话：0536-6030818

研究方向：作物基因组学，生物信息学，天然产物合成生物学

实验室主页：http://www.guo-lab.site

个人简介：

2002年08月-2006年06月，西北农林科技大学，植物保护学，学士（BA）

2006年08月-2012年02月，美国宾夕法尼亚州立大学 (Penn State University) 植物病理学，博士（Ph.D.）

2012年03月-2016年08月，美国马萨诸塞大学 (UMASS) 生物化学与分子生物学系，博士后（Postdoc）

2016年09月-2020年06月，西安交通大学，电子与信息学院，副教授（Associate Professor）

2020年07月-2021年09月，西安交通大学，电子与信息学院，教授，博士生导师（Professor）

2021年10月-至今，北京大学现代农业研究院，研究员、课题组长（PI）

荣誉和奖励：

2023年山东省自然科学基金“杰出青年”获得者

2022年山东省“泰山学者”青年专家

2022年中国科技期刊卓越行动计划优秀审稿人

2021年潍坊市“鸢都学者”

2019年西安交通大学第五届“十大学术新人”

主要学术兼职：

Associate Editor for Molecular Plant-Microbe Interactions (Since 2023)

Editorial Board Member for Scientific Data (Since 2024)

Guest Editor for Plant Physiology and Biochemistry (2022-2023)

研究工作与成果：

本课题组主要研究方向是植物进化基因组与生物信息学、植物天然产物的合成生物学：

1. 作物基因组学：作物完整基因组破译，作物泛基因组学和多组学分析鉴定作物优良性状基因，指导作物分子设计育种。

2. 植物基因组进化：植物次生代谢通路的进化机制解析，着丝粒、端粒等暗物质区域的结构、表观遗传和进化机制。

3. 天然产物合成生物学：植物重要天然产物的生物合成途径解析与异源生物合成。

研究成果：主导完成多个重要作物的复杂基因组序列的破译，基因组复杂区域着丝粒、端粒的结构解析，揭示关键次生代谢通路的分子基础和进化机制，助力开发天然产物高效生物合成细胞工厂和作物品质改良。现已发表SCI论文50篇，以第一作者或通讯作者身份在Science、Nature Genetics, Nature Plants, PNAS、Nature Communications等多个国际著名期刊上发表SCI论文30篇，参与编写专著3部，申请获批国家发明专利5项；研究成果被Nature、Science、Cell等国际顶级期刊引用过百次；主持国家自然科学基金委面上项目、青年项目，山东省“杰青”项目，山东省重点研发项目，山东省“泰山学者”青年专家项目；现担任Molecular Plant-Microbe Interactions期刊副主编，Nature子刊Scientific Data编委。

本课题组常年招聘博士后，助理/副研究员和访问学者，欢迎感兴趣的有志青年学者加入和咨询！

代表性论文:

(*: Co-first author; #: Corresponding author)

1. Chen W, Yan M, Chen S, Sun J, Wang J, Meng D, Li J, Zhang L, Guo L^#. (2024) The complete genome assembly of Nicotiana benthamiana reveals genetic and epigenetic landscape of centromeres. Nature Plants. https://doi.org/10.1038/s41477-024-01849-y

2. Chen W*, Wang X*, Sun J*, Wang X*, Zhu Z*, Ayhan DH, Yi S, Yan M, Zhang L, Meng T, Mu Y, Li J, Meng D, Bian J, Wang K, Wang L, Chen S, Chen R, Jin J, Li B, Zhang X, Deng XW, He H^#, Guo L^#. (2024) Two telomere-to-telomere gapless genomes reveal insights into Capsicum evolution and capsaicinoid biosynthesis. Nature Communications. 15, 4295

3. Wang K*, Jin J*, Wang J*, Wang X, Sun J, Meng D, Wang X, Guo L^#. (2024 ) The complete telomere-to-telomere genome assembly of lettuce. Plant Communications. https://doi.org/10.1016/j.xplc.2024.101011.

4. Yang B, Meng T, Wang X, Li J, Zhao S, Wang Y, Yi S, Zhou Y, Zhang Y, Li L^#, Guo L^#. (2024) CAT Bridge: an efficient toolkit for compound-transcript association mining from multi-omics data. GigaScience. https://doi.org/10.1093/gigascience/giae083

5. Wang X*, Li H*, Shen T, Wang X, Yi S, Meng T, Sun J, Wang X, Qu X, Chen S^#, Guo L^#. (2023) A near-complete genome sequence of einkorn wheat provides insight into the evolution of wheat A subgenomes. Plant Communications. https://doi.org/10.1016/j.xplc.2023.100768

6. Liu H, Wang H, Liao XL, Gao B, Lu X, Sun D, Gong W, Zhong J, Zhu H, Pan X, Guo L^#, Deng XW^#and Zhou Q^#. (2022) Mycoviral gene integration converts a plant pathogenic fungus into abiocontrol agent. Proc Natl Acad Sci USA. 119(50): e2214096119

7. Guo L*^#, Yao Hui*, Chen W*, Wang X, Ye P, Xu Z, Zhang S,Wu H^#. (2022) Natural products of medicinal Plants: biosynthesis and bioengineering in post-genomic era, Horticulture Research. Vol.9: uhac223.

8. Guo L*, Winzer T*, Yang X*, Li Y*, Ning Z*, He Z, Teodor R, Lu Y, Bowser TA, Graham IA^#, Ye K^#. (2018) The opium poppy genome and morphinan production. Science. 362(6412): p. 343-347.

9. Wang J*, Li J*^#, Li Z, Liu B, Zhang L, Guo D, Huang S, Qian W^#, Guo L^#. (2022) Genomic insights into longan evolution from a chromosome-level genome assembly and population genomics of longan accessions. Horticulture Research. Vol. 9: uhac021.

10. Yang X*, Gao S*, Guo L*, Wang B, Jia Y, Zhou J, Che Y, Jia P, Lin J, Xu T, Sun J, Ye K^#. (2021) Three chromosome-scale Papaver genomes reveal punctuated patchwork evolution of the morphinan and noscapine biosynthesis pathway. Nature Communications.12:6030.

11. Wang XR*, Zhang L*, Yao G, Wang XF, Yi S, Meng T, Meng D, Chen W#, Guo L^#. (2024) De novo chromosome-level genome assembly of Chinese motherwort (Leonurus japonicus). Scientific Data. https://doi.org/10.1038/s41597-023-02901-w.

12. Guo L, Zhao G, Gao L, Xu JR, Kistler HC, Ma LJ^#. (2016) Compartmentalized gene regulatory network of a pathogenic fungus Fusarium graminearum. New Phytologist. 211(2): 527-541.

13. Guo L*, Yu H*, Wang B*, Vescio K, Delulio G, Yang H, Berg A, Zhang L, Edel-Hermann V, Steinberg C, Kistler HC, Ma LJ^#. (2021) Metatranscriptomic comparison of endophytic and pathogenic Fusarium-Arabidopsis interactions reveals plant transcriptional plasticity. Molecular Plant-Microbe Interactions. 34(9):1071-1083

14. Wang B, Yu H, Jia Y, Dong Q, Steinberg C, Alabouvette CL, Edel-Hermann V, Kistler HC, Ye K^#, Ma LJ^#, and Guo L^#. (2020) Chromosome-scale genome assembly of strain Fo47, a fungal endophyte and biocontrol agent. Molecular Plant-Microbe Interactions. 33(9):1108-1111

15. Wang B*, Guo L*, Ye K^#, Wang L^#. (2020) Chromosome-scale genome assembly of Talaromyces rugulosus strain W13939, a mycoparasitic fungus and promising biocontrol agent. Molecular Plant-Microbe Interactions. 33(12):1446-1450.

16. Guo L, Breakspear A, Zhao G, Gao L, Kistler HC, Xu JR, Ma LJ^#. (2016) Conservation and divergence of the cyclic adenosine monophosphate–protein kinase A (cAMP–PKA) pathway in two plant-pathogenic fungi: Fusarium graminearum and F. verticillioides. Molecular Plant Pathology 17(2): 196-209.