北京大学现代农业研究院是北京大学与山东省人民政府共建的省属公益二类事业单位，是具有独立法人资格的新型研发机构，成立于2018年5月9日。

2016年7月10日，邓兴旺教授促成山东省政府、以色列特拉维夫大学、北京大学三方在以色列签署共建研究院的备忘录，后来以色列特拉维夫大学成为学术合作单位。2017年8月18日山东省政府和北京大学正式签订研究院共建协议，并于2018年6月15日启动园区建设。2021年7月10日正式搬入新院区。2021年7月5日以北京大学现代农业研究院为核心依托单位的潍坊现代农业山东省实验室获批设立。

北京大学现代农业研究院旨在结合山东省发展现代农业的资源优势以及北京大学学科优势，依托北京大学现代农学院，聚集全球顶尖科研力量。短短几年时间里，已集聚邓兴旺院士、黄季焜院士、张兴平博士等领衔的院士专家团队及国家级人才团队，科研人员达700余人，设有作物遗传与种质创新平台、生物微观结构研究平台、生物技术平台等七大公共科研服务平台，小麦抗病遗传育种实验室、植物与微生物互作实验室、作物育种新技术研发与基因资源挖掘实验室等40余个独立实验室/课题组。

北京大学现代农业研究院目前已取得“潍坊乡村振兴样板”、山东省新型研发机构、国家自然科学基金依托单位、博士后科研工作站，并与以色列规模最大、学科最全的高等教育机构特拉维夫大学共建山东省农业生物技术国际联合实验室，与山东农业大学、山东省农业科学院共建小麦育种全国重点实验室，与山东大学、山东玄康种业科技有限公司共建山东省作物精准分子设计育种重点实验室，参与建设国家盐碱地综合利用技术创新中心。

本着基础研究与应用研究相结合的模式，北京大学现代农业研究院面向国家战略需求、紧盯区域发展需要，围绕现代农业开展“卡脖子”技术攻关，建成现代农业科技研发及科研成果转化基地、现代农业人才培养高地，真正解决国家和地方在农业现代化进程中面临的重大关键问题，促进区域产业发展、推动中国特色农业现代化进程。